Fue el resultado de al menos dos años de consulta entre seminarios que iniciara entre otros, el Dr. B. Foster Stockwell, rector de la entonces Facultad Evangélica de Teología de Buenos Aires, pasando por una Consulta formal realizada en agosto de 1962, en oportunidad de recibir la visita del Dr. Scopes del TEF. De esta consulta surgió una comisión de una Asociación de Instituciones de Enseñanza Teológica en el Cono Sur de América Latina.
En 1964 se realizó la 1º Asamblea Ordinaria de la Asociación, en el mes de mayo, en las instalaciones de la Facultad Luterana de Teología. Estuvieron presentes delegados de once instituciones, que son también las instituciones fundadoras:
- Seminario Bíblico Metodista de Chile
- Facultad Evangélica de Teología, Buenos Aires
- Seminario Internacional Teológico Bautista, Buenos Aires
- Seminario Concordia, José L. Suárez, Buenos Aires
- Facultad Luterana de Teología, J. L. Suárez, Buenos Aires
- Seminario Evangélico Menonita de Montevideo
- Seminario Teológico Bautista de Chile
- Instituto Teológico Bautista de Paraguay
- Seminario Bíblico Iglesia de Dios, Chile
- Instituto Bíblico de la Alianza Misionera (actual Instituto Bíblico Buenos Aires)
- Instituto Bíblico Río de La Plata